그룹 대항전 (Bo3) 2개의 그룹으로 나누어 진행하며, 지난 시즌 우승팀이 A그룹, 준우승팀이 B그룹에 자동 배정된다.
2025 LCK 컵은 2024 LCK 서머의 성적을 반영해 우승팀 한화생명이 A그룹에, 준우승팀 젠지가 B그룹에 들어간다.
이 두 팀은 같은 그룹에 넣을 한 팀을 순서에 따라 각각 지명한다. 그리고 지명된 팀은 같은 그룹에 넣을 한 팀을 또 지명하게 된다.
지명 순서는 스네이크 드래프트 방식으로, 다음과 같은 방식으로 진행된다.
A그룹 팀1(한화생명 지명)-B그룹 팀1(젠지 지명)-B그룹 팀2(B그룹 팀1 지명)-A그룹 팀2(A그룹 팀1 지명)-A그룹 팀3(A그룹 팀2 지명)-B그룹 팀3(B그룹 팀2 지명)-B그룹 팀4(B그룹 팀3 지명)-A그룹 팀4(자동 배정)
그룹 대항전에서는 상대 그룹 팀과 한 번씩 경기를 치르며, 그룹 내 팀들의 모든 전적을 합산해 더 많은 승수를 얻은 그룹이 승리조, 적은 승수를 얻은 그룹이 패배조가 된다.
쉽게 말해, 이 스테이지 한정으로 5 vs 5 팀전이 되는 것이다.
승리조 1~3위는 컵 플레이오프로 직행, 승리조 4~5위와 패배조 1~4위는 플레이-인으로 향하며, 패배조 5위는 탈락한다.